El exmando militar estaba imputado como presunto autor de los delitos de encubrimiento y de falsedad ideológica de instrumento público, ya que se lo acusaba de haber falseado el acta de deserción del conscripto Ledo con la supuesta finalidad de ocultar su desaparición forzada seguida de asesinato, hace más de 43 años.
Graciela Ledo, la hermana del conscripto riojano, dijo al terminar la audiencia que "la sentencia es vergonzosa, estoy profundamente decepcionada. La impunidad de Milani empezó cuando fue nombrado jefe del Ejército. No hay independencia de los poderes. La Justicia es cómplice de los genocidas".
El Tribunal Oral Federal de Tucumán (TOF), integrado por los jueces Gabriel Casas, Carlos Jiménez Montilla y Enrique Lilljedhal, consideró que no existen pruebas suficientes como para condenar a Milani.
El elemento principal en el que se había sustentado la acusación contra el exjefe del Ejército fue una copia certificada del acta de deserción de Ledo (el documento original se perdió en el Ministerio de Defensa) en la que aparecía su firma.
En sus alegatos, la fiscalía y la querella de la familia Ledo habían solicitado que el exjefe castrense reciba una pena de seis años de prisión efectiva, la máxima prevista para el delito por el que estaba acusado.
En cambio, el TOF condenó al excapitán Esteban Sanguinetti, imputado como autor material de la privación ilegítima de la libertad y el homicidio del soldado Ledo, a cumplir una condena de 14 años de prisión, de cumplimiento bajo la modalidad de arresto domiciliario debido a que tiene 77 años de edad. Tanto la fiscalía como las querellas, habían pedido la condena de prisión perpetua y efectiva contra Sanguinetti.
Durante el desarrollo del juicio, que comenzó el 10 de octubre, Milani habló frente al tribunal en cuatro oportunidades para negar las acusaciones en su contra. En dos ocasiones, se valió de diapositivas, infografías, videos y audios que expuso ante los magistrados para refutar los relatos de testigos que lo incriminaron durante el debate.
El exjefe del Ejército aseguró que no vio a Ledo "nunca en la vida"; sostuvo que no fue él quien redactó la supuesta acta de deserción del soldado riojano, sino que se trató de "una falsificación realizada, nadie sabe por quién y quién sabe dónde"; y dijo que fue víctima "de una feroz campaña política, mediática y judicial" por su afinidad con el kirchnerismo.