Hernández se impuso con el 42,98%, contra el 41,39% de Salvador Nasralla, candidato de la Alianza de Oposición contra la Dictadura, con el 99,89% del global de las actas electorales procesadas para la fórmula presidencial, quien con anticipación dijo que no aceptaba el resultado porque le han hecho "fraude".
El magistrado presidente del Tribunal Supremo Electoral (TSE), David Matamoros, dio por concluido el escrutinio especial de manera simbólica cuando restaban 20 actas electorales que aparecieran en el cómputo final de 18.128.
Matamoros agradeció a las decenas de observadores nacionales y de la Unión Europea (UE) y la Organización de Estados Americanos (OEA) que participaron en el escrutinio especial. Los hondureños votaron para elegir un presidente, tres vicepresidentes, 128 diputados al Parlamento local, 20 al Centroamericano y 298 alcaldías municipales.
